Banca Antonveneta nasce nel 1996 a seguito della fusione di due banche popolari con sede a Padova: Banca Antoniana e Banca Popolare Veneta.

La Banca Antoniana viene fondata a Padova nel 1893, con il nome di Banca Cattolica Padovana.
Inizialmente opera come società cooperativa nei settori agricolo ed artigiano, poi con l'ampliamento della sfera d'azione territoriale, nel 1906 modifica la propria ragione sociale assumendo il nome di Banca Antoniana.
Dai primi anni settanta fino alla metà degli anni novanta, attua una strategia di espansione territoriale tramite una serie di acquisizioni che interessano sia banche popolari sia agenzie di banche straniere in Italia.

La Banca Popolare Veneta viene fondata a Padova nel 1866 con la denominazione di Banca Mutua di Credito Popolare, per trasformarsi poi, nel 1883, in Banca Cooperativa Popolare.
Attraverso un processo di successive fusioni con alcune banche popolari: di Treviso nel 1950, del Polesine nel 1980, di Cavarzere nel 1982 e di Valdagno nel 1987, giunge alla definitiva denominazione di Banca Popolare Veneta.

La fusione tra le due banche, il 1. luglio 1996, pone le premesse per un piano di sviluppo articolato lungo due direttrici: una geografica e una legata all'ampliamento dell'offerta di prodotti e servizi.
L'acquisizione nel 1997 di una quota di maggioranza di Interbanca segna per la Banca Antonveneta l'inizio della trasformazione da banca principalmente retail a banca universale in grado di soddisfare le diversificate esigenze finanziarie della propria clientela.
Nel 1999 acquisisce la Banca Nazionale dell'Agricoltura. Questa operazione consente alla banca padovana di ampliare la propria copertura geografica a tutto il territorio nazionale, nonché di allargare la base della propria clientela fino a diventare uno dei principali gruppi bancari italiani.
Risale al 2001 la decisione di aprirsi al mercato dei capitali e di trasformare contestualmente il proprio statuto da banca cooperativa a società per azioni.

Ad aprile 2006 Banca Antonveneta viene acquisita dal Gruppo ABN AMRO con cui aveva già stipulato i primi accordi commerciali nel 1997, grazie alla costituzione di una joint venture nel settore della gestione del risparmio: AAA SGR e AAA Bank, società attiva nel private banking.
Nel 1995 ABN AMRO aveva già acquistato un primo pacchetto di azioni della Banca Antoniana e il rapporto si era ulteriormente consolidato nel gennaio del 2006, quando nel board della Banca Antoniana era entrato il consigliere ABN AMRO Durk Visserman.

Nell'ottobre 2007 il consorzio formato dalle banche Royal Bank of Scotland, Fortis e Santander ha formalizzato l'offerta di acquisto del gruppo ABN AMRO destinando Antonveneta ad una futura appartenenza al Gruppo Santander.

Nel novembre 2007 Antonveneta viene acquistata dalla Banca del Monte Paschi di Siena, entrando a far parte del Gruppo MPS. L'intera operazione viene perfezionata nel maggio 2008.